Ubuntu mpi - Sideversjonshistorikk

Botit: For snever

2017-03-09T10:15:30Z

For snever

← Eldre sideversjon		Sideversjonen fra 9. mar. 2017 kl. 10:15
Linje 99:		Linje 99:
	Ønsker du å få endret hva som er default på systemet kan du ta kontakt med [[Brukerstøtte_for_ansatte\|BRITA]]		Ønsker du å få endret hva som er default på systemet kan du ta kontakt med [[Brukerstøtte_for_ansatte\|BRITA]]

	~~[[Kategori:Ubuntu]]~~
	[[Kategori:Linux]]		[[Kategori:Linux]]
	[[Kategori:Programvare]]		[[Kategori:Programvare]]

Kbo041: lagt til link til Ubuntu_ifort

2012-07-13T09:53:45Z

lagt til link til Ubuntu_ifort

← Eldre sideversjon		Sideversjonen fra 13. jul. 2012 kl. 09:53
Linje 12:		Linje 12:
	=== Kompilatorer ===		=== Kompilatorer ===

	Det finnes mange forskjellige typer kompilatorer men de mest aktuelle er gnu, portland group og intel. Gnucompilatorene er gratis, mens pgi og intel kompilatorene er lisensierte. Du finner disse i softwarecenter ved å søke på f.eks gfortran eller pgi. PGI og Intel vil kun dukke opp hos de miljøene som faktisk har lisens tilgjengelig. De fleste aktuelle miljøer får alle nødvendige kompilatorer forhåndsinstallert.		Det finnes mange forskjellige typer kompilatorer men de mest aktuelle er gnu, portland group og [[Ubuntu_ifort\|intel]]. Gnucompilatorene er gratis, mens pgi og [[Ubuntu_ifort\|intel]] kompilatorene er lisensierte. Du finner disse i softwarecenter ved å søke på f.eks gfortran eller pgi. PGI og [[Ubuntu_ifort\|Intel]] vil kun dukke opp hos de miljøene som faktisk har lisens tilgjengelig. De fleste aktuelle miljøer får alle nødvendige kompilatorer forhåndsinstallert.

	For å sjekke at pakken har kommet inn som forventet.		For å sjekke at pakken har kommet inn som forventet.
Linje 26:		Linje 26:
	</pre>		</pre>

	Eventuelt om du har Intelcompilator		Eventuelt om du har [[Ubuntu_ifort\|Intelcompilator]]
	<pre>		<pre>
	$ ifort -V		$ ifort -V

Kbo041: fikset kategorier

2012-07-12T07:06:40Z

fikset kategorier

← Eldre sideversjon		Sideversjonen fra 12. jul. 2012 kl. 07:06
Linje 99:		Linje 99:
	Ønsker du å få endret hva som er default på systemet kan du ta kontakt med [[Brukerstøtte_for_ansatte\|BRITA]]		Ønsker du å få endret hva som er default på systemet kan du ta kontakt med [[Brukerstøtte_for_ansatte\|BRITA]]

	[[Kategori:Ubuntu, Linux, Programvare]]		[[Kategori:Ubuntu]]
			[[Kategori:Linux]]
			[[Kategori:Programvare]]

Kbo041: fjernet oppsummering, linket brita, linket softwarecenter

2012-07-12T07:03:39Z

fjernet oppsummering, linket brita, linket softwarecenter

← Eldre sideversjon		Sideversjonen fra 12. jul. 2012 kl. 07:03
Linje 1:		Linje 1:
	== Ubuntu openmpi / mpich2 ==		== Ubuntu openmpi / mpich2 ==

	I denne ~~artikkelen skal jeg ta for meg~~ litt av de forskjellige begrepene man kommer bort i om man skal jobbe med programmering på flere prosesser.		På denne siden kan du lese litt om de forskjellige begrepene man kommer bort i om man skal jobbe med programmering på flere prosesser.

	Det vi trenger for å komme igang er følgende:		Det vi trenger for å komme igang er følgende:
Linje 37:		Linje 37:
	Akkurat som med kompilatorer finnes det forskjellige mpi pakker å velge mellom. MPI (message passing interface) er en standard som gjør at du kan kjøre programmene dine på flere prosessorer / hoster samtidig. For å lære mer om MPI kan du begynne å lese artikkelen MPI på wikpedia: http://en.wikipedia.org/wiki/Message_Passing_Interface		Akkurat som med kompilatorer finnes det forskjellige mpi pakker å velge mellom. MPI (message passing interface) er en standard som gjør at du kan kjøre programmene dine på flere prosessorer / hoster samtidig. For å lære mer om MPI kan du begynne å lese artikkelen MPI på wikpedia: http://en.wikipedia.org/wiki/Message_Passing_Interface

	For å installere på våre Ubuntu maskiner kan vi som vanlig bruke softwarecenter (mpich2, openmpi-common, openmpi-bin, openmpi-doc og evt openmpi-checkpoint), men sansynligheten for at du har fått installert både openmpi og mpich2 automatisk er ganske stor.		For å installere på våre Ubuntu maskiner kan vi som vanlig bruke [[Ubuntu_softwarecenter\|softwarecenter]] (mpich2, openmpi-common, openmpi-bin, openmpi-doc og evt openmpi-checkpoint), men sansynligheten for at du har fått installert både openmpi og mpich2 automatisk er ganske stor.

	Sjansen er stor for at du nå sitter med to forskjellige implementasjoner av MPI, mpich og open-mpi. Disse skal i teorien være like, men i praksis er det både syntaksforskjeller og annet smårusk som gjør at man kan foretrekke den ene over den andre. Om du vet du klarer deg med kun en av implementasjonene gjør du enklest i å bare installere den ene du trenger. Forskjeller i syntaks / bruksmåte finner du lenger nede på denne siden.		Sjansen er stor for at du nå sitter med to forskjellige implementasjoner av MPI, mpich og open-mpi. Disse skal i teorien være like, men i praksis er det både syntaksforskjeller og annet smårusk som gjør at man kan foretrekke den ene over den andre. Om du vet du klarer deg med kun en av implementasjonene gjør du enklest i å bare installere den ene du trenger. Forskjeller i syntaks / bruksmåte finner du lenger nede på denne siden.
Linje 96:		Linje 96:

	Akurat som med wrapperene kan vi kjøre programmene ved å oppgi det fulle navnet på implementasjonen vi vil bruke 'mpirun.openmpi' og 'mpirun.mpich2', eller om vi ønsker å bruke den defaulte 'mpirun' (i eksempelet over mpich2 versjonen).		Akurat som med wrapperene kan vi kjøre programmene ved å oppgi det fulle navnet på implementasjonen vi vil bruke 'mpirun.openmpi' og 'mpirun.mpich2', eller om vi ønsker å bruke den defaulte 'mpirun' (i eksempelet over mpich2 versjonen).
	~~Oppsummering~~

	~~Jeg har nå gått raskt igjennom hva~~ du ~~trenger for~~ å ~~komme igang med mpi og paralellisering. Jeg har tatt utgangspunkt i et standard Ubuntu 12.04 LTS system. Det eneste~~ som ~~mangler nå~~ er ~~kode som vi~~ kan ~~kjøre i paralell. Jeg skal prøve å komme tilbake til en artikkel~~ med ~~enkle eksempler på kode som kan kjøre i paralell, samt vise hvordan vi kan kompilere den opp og eksekvere den på flere samtidige prosessorer / hoster ved hjelp av mpirun.~~		Ønsker du å få endret hva som er default på systemet kan du ta kontakt med [[Brukerstøtte_for_ansatte\|BRITA]]

	[[Kategori:Ubuntu, Linux, Programvare]]		[[Kategori:Ubuntu, Linux, Programvare]]

Kbo041 på 12. jul. 2012 kl. 06:57

2012-07-12T06:57:33Z

← Eldre sideversjon		Sideversjonen fra 12. jul. 2012 kl. 06:57
Linje 12:		Linje 12:
	=== Kompilatorer ===		=== Kompilatorer ===

	Det finnes mange forskjellige typer kompilatorer men de mest aktuelle er gnu, portland group og intel. Gnucompilatorene er gratis, mens pgi og intel kompilatorene er lisensierte. Du finner disse i softwarecenter ved å søke på f.eks gfortran eller pgi. De fleste aktuelle miljøer får alle nødvendige kompilatorer ~~installert~~.		Det finnes mange forskjellige typer kompilatorer men de mest aktuelle er gnu, portland group og intel. Gnucompilatorene er gratis, mens pgi og intel kompilatorene er lisensierte. Du finner disse i softwarecenter ved å søke på f.eks gfortran eller pgi. PGI og Intel vil kun dukke opp hos de miljøene som faktisk har lisens tilgjengelig. De fleste aktuelle miljøer får alle nødvendige kompilatorer forhåndsinstallert.

	For å sjekke at pakken har kommet inn som forventet.		For å sjekke at pakken har kommet inn som forventet.
Linje 25:		Linje 25:
	gcc version 4.6.3 (Ubuntu/Linaro 4.6.3-1ubuntu5)		gcc version 4.6.3 (Ubuntu/Linaro 4.6.3-1ubuntu5)
	</pre>		</pre>

			Eventuelt om du har Intelcompilator
			<pre>
			$ ifort -V
			Intel(R) Fortran Intel(R) 64 Compiler XE for applications running on Intel(R) 64, Version 12.0 Build 20110427
			Copyright (C) 1985-2011 Intel Corporation. All rights reserved.
			</pre>

	=== MPI Implementasjon ===		=== MPI Implementasjon ===

Kbo041 på 12. jul. 2012 kl. 06:50

2012-07-12T06:50:03Z

← Eldre sideversjon		Sideversjonen fra 12. jul. 2012 kl. 06:50
Linje 15:		Linje 15:

	For å sjekke at pakken har kommet inn som forventet.		For å sjekke at pakken har kommet inn som forventet.
	<~~code~~>		<pre>

	$ gfortran -v		$ gfortran -v

	Using built-in specs.		Using built-in specs.
	COLLECT_GCC=gfortran		COLLECT_GCC=gfortran
Linje 26:		Linje 24:
	Thread model: posix		Thread model: posix
	gcc version 4.6.3 (Ubuntu/Linaro 4.6.3-1ubuntu5)		gcc version 4.6.3 (Ubuntu/Linaro 4.6.3-1ubuntu5)
	</~~code~~>		</pre>
	=== MPI Implementasjon ===		=== MPI Implementasjon ===

Linje 39:		Linje 37:
	Nå som vi har kompilatorer og mpi på plass trenger vi wrappere. Mange kaller wrapperene for mpi-kompilatorer, men i praksis er det snarveier til de vanlige kompilatorene, hvor flagg og opsjoner for kompilering med mpistøtte er tatt med.		Nå som vi har kompilatorer og mpi på plass trenger vi wrappere. Mange kaller wrapperene for mpi-kompilatorer, men i praksis er det snarveier til de vanlige kompilatorene, hvor flagg og opsjoner for kompilering med mpistøtte er tatt med.

	Så hva er egentlig denne wrapperen? Først lister vi ut alle wrapperene vi har tilgjengelige.		'''Så hva er egentlig denne wrapperen?''' ''Først lister vi ut alle wrapperene vi har tilgjengelige.''
	<~~code~~>		<pre>

	$ mpif		$ mpif
			mpif77 mpif77.mpich2 mpif77.openmpi mpif90 mpif90.mpich2 mpif90.openmpi
			</pre>

	~~mpif77 mpif77.mpich2 mpif77.openmpi mpif90 mpif90.mpich2 mpif90.openmpi~~
	~~</code>~~
	mpif77 og mpif90 er snarveier til den av wrapperene som er default (enten mpif77.mpich2 eller mpif77.openmpi og tilsvarende for Fortran90 og e.v.t CPP om du har det).		mpif77 og mpif90 er snarveier til den av wrapperene som er default (enten mpif77.mpich2 eller mpif77.openmpi og tilsvarende for Fortran90 og e.v.t CPP om du har det).

	du kan altså bruke en spesifikk wrapper ved å skrive den fullt ut. Eksempelvis mpif77.openmpi sikrer deg at du får openmpi uavhengig av om default på systemet er satt opp til mpich2 eller openmpi.		du kan altså bruke en spesifikk wrapper ved å skrive den fullt ut. Eksempelvis mpif77.openmpi sikrer deg at du får openmpi uavhengig av om default på systemet er satt opp til mpich2 eller openmpi.

	Hvordan sjekker jeg hvilken wrapper som er default? Dette styres av debian sitt update-alternatives system.		'''Hvordan sjekker jeg hvilken wrapper som er default?''' ''Dette styres av debian sitt update-alternatives system.''
	<~~code~~>		<pre>

	$ update-alternatives --display mpi		$ update-alternatives --display mpi

	mpi - auto modus		mpi - auto modus
	lenke peker for øyeblikket til /usr/include/mpich2		lenke peker for øyeblikket til /usr/include/mpich2
	... mye tekst kommer her...		... mye tekst kommer her...
	Nåværende «beste» versjon er «/usr/include/mpich2».		Nåværende «beste» versjon er «/usr/include/mpich2».
	</~~code>~~		</pre>
	~~Men hva var nå denne wrapperen egentlig for noe? Ved å kjøre de med switchen -show ser vi hva som egentlig skjer.~~
	~~<code~~>

			'''Men hva var nå denne wrapperen egentlig for noe?''' ''Ved å kjøre de med switchen -show ser vi hva som egentlig skjer.''
			<pre>
	$ mpif77 -show		$ mpif77 -show

	gfortran -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -I/usr/include/mpich2 -L/usr/lib -lmpich -lopa -lmpl -lrt -lcr -lpthread		gfortran -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -I/usr/include/mpich2 -L/usr/lib -lmpich -lopa -lmpl -lrt -lcr -lpthread

	$ mpif77.openmpi -show		$ mpif77.openmpi -show
			gfortran -I/usr/lib/openmpi/include -pthread -L/usr/lib/openmpi/lib -lmpi_f77 -lmpi -lopen-rte -lopen-pal -ldl -Wl,--export-dynamic -lnsl -lutil -lm -ldl
			</pre>

	~~gfortran -I/usr/lib/openmpi/include -pthread -L/usr/lib/openmpi/lib -lmpi_f77 -lmpi -lopen-rte -lopen-pal -ldl -Wl,--export-dynamic -lnsl -lutil -lm -ldl~~
	~~</code>~~
	Husk at den første kommandoen 'mpif77 -show' tilsvarer 'mpif77.mpich2 -show' siden mpich2 er gjeldende mpi implementasjon ifølge update-alternatives.		Husk at den første kommandoen 'mpif77 -show' tilsvarer 'mpif77.mpich2 -show' siden mpich2 er gjeldende mpi implementasjon ifølge update-alternatives.

Linje 78:		Linje 71:

	Som endel av installasjonen av mpiimplementasjonene har vi også fått det vi trenger for å eksekvere våre paralelle programmer. Igjen kan vi sjekke hva vi har tilgjengelig, og hvilken som er satt som default.		Som endel av installasjonen av mpiimplementasjonene har vi også fått det vi trenger for å eksekvere våre paralelle programmer. Igjen kan vi sjekke hva vi har tilgjengelig, og hvilken som er satt som default.
	~~<code>~~

			<pre>
	$ update-alternatives --display mpirun		$ update-alternatives --display mpirun

	mpirun - auto modus		mpirun - auto modus
	lenke peker for øyeblikket til /usr/bin/mpirun.openmpi		lenke peker for øyeblikket til /usr/bin/mpirun.openmpi
Linje 93:		Linje 85:
	slave mpirun.1.gz: /usr/share/man/man1/mpirun.openmpi.1.gz		slave mpirun.1.gz: /usr/share/man/man1/mpirun.openmpi.1.gz
	Nåværende «beste» versjon er «/usr/bin/mpirun.openmpi».		Nåværende «beste» versjon er «/usr/bin/mpirun.openmpi».
	</~~code~~>		</pre>

	Akurat som med wrapperene kan vi kjøre programmene ved å oppgi det fulle navnet på implementasjonen vi vil bruke 'mpirun.openmpi' og 'mpirun.mpich2', eller om vi ønsker å bruke den defaulte 'mpirun' (i eksempelet over mpich2 versjonen).		Akurat som med wrapperene kan vi kjøre programmene ved å oppgi det fulle navnet på implementasjonen vi vil bruke 'mpirun.openmpi' og 'mpirun.mpich2', eller om vi ønsker å bruke den defaulte 'mpirun' (i eksempelet over mpich2 versjonen).
	Oppsummering		Oppsummering

Kbo041 på 12. jul. 2012 kl. 06:43

2012-07-12T06:43:48Z

← Eldre sideversjon		Sideversjonen fra 12. jul. 2012 kl. 06:43
Linje 15:		Linje 15:

	For å sjekke at pakken har kommet inn som forventet.		For å sjekke at pakken har kommet inn som forventet.
			<code>

	$ gfortran -v		$ gfortran -v

	Using built-in specs.		Using built-in specs.
	COLLECT_GCC=gfortran		COLLECT_GCC=gfortran
Linje 24:		Linje 26:
	Thread model: posix		Thread model: posix
	gcc version 4.6.3 (Ubuntu/Linaro 4.6.3-1ubuntu5)		gcc version 4.6.3 (Ubuntu/Linaro 4.6.3-1ubuntu5)
			</code>
	=== MPI Implementasjon ===		=== MPI Implementasjon ===

Linje 38:		Linje 40:

	Så hva er egentlig denne wrapperen? Først lister vi ut alle wrapperene vi har tilgjengelige.		Så hva er egentlig denne wrapperen? Først lister vi ut alle wrapperene vi har tilgjengelige.
			<code>

	$ mpif		$ mpif

	mpif77 mpif77.mpich2 mpif77.openmpi mpif90 mpif90.mpich2 mpif90.openmpi		mpif77 mpif77.mpich2 mpif77.openmpi mpif90 mpif90.mpich2 mpif90.openmpi
			</code>
	mpif77 og mpif90 er snarveier til den av wrapperene som er default (enten mpif77.mpich2 eller mpif77.openmpi og tilsvarende for Fortran90 og e.v.t CPP om du har det).		mpif77 og mpif90 er snarveier til den av wrapperene som er default (enten mpif77.mpich2 eller mpif77.openmpi og tilsvarende for Fortran90 og e.v.t CPP om du har det).

Linje 47:		Linje 51:

	Hvordan sjekker jeg hvilken wrapper som er default? Dette styres av debian sitt update-alternatives system.		Hvordan sjekker jeg hvilken wrapper som er default? Dette styres av debian sitt update-alternatives system.
			<code>

	$ update-alternatives --display mpi		$ update-alternatives --display mpi

	mpi - auto modus		mpi - auto modus
	lenke peker for øyeblikket til /usr/include/mpich2		lenke peker for øyeblikket til /usr/include/mpich2
	... mye tekst kommer her...		... mye tekst kommer her...
	Nåværende «beste» versjon er «/usr/include/mpich2».		Nåværende «beste» versjon er «/usr/include/mpich2».
			</code>
	Men hva var nå denne wrapperen egentlig for noe? Ved å kjøre de med switchen -show ser vi hva som egentlig skjer.		Men hva var nå denne wrapperen egentlig for noe? Ved å kjøre de med switchen -show ser vi hva som egentlig skjer.
			<code>

	$ mpif77 -show		$ mpif77 -show

	gfortran -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -I/usr/include/mpich2 -L/usr/lib -lmpich -lopa -lmpl -lrt -lcr -lpthread		gfortran -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -I/usr/include/mpich2 -L/usr/lib -lmpich -lopa -lmpl -lrt -lcr -lpthread

	$ mpif77.openmpi -show		$ mpif77.openmpi -show

	gfortran -I/usr/lib/openmpi/include -pthread -L/usr/lib/openmpi/lib -lmpi_f77 -lmpi -lopen-rte -lopen-pal -ldl -Wl,--export-dynamic -lnsl -lutil -lm -ldl		gfortran -I/usr/lib/openmpi/include -pthread -L/usr/lib/openmpi/lib -lmpi_f77 -lmpi -lopen-rte -lopen-pal -ldl -Wl,--export-dynamic -lnsl -lutil -lm -ldl
			</code>
	Husk at den første kommandoen 'mpif77 -show' tilsvarer 'mpif77.mpich2 -show' siden mpich2 er gjeldende mpi implementasjon ifølge update-alternatives.		Husk at den første kommandoen 'mpif77 -show' tilsvarer 'mpif77.mpich2 -show' siden mpich2 er gjeldende mpi implementasjon ifølge update-alternatives.

Linje 68:		Linje 78:

	Som endel av installasjonen av mpiimplementasjonene har vi også fått det vi trenger for å eksekvere våre paralelle programmer. Igjen kan vi sjekke hva vi har tilgjengelig, og hvilken som er satt som default.		Som endel av installasjonen av mpiimplementasjonene har vi også fått det vi trenger for å eksekvere våre paralelle programmer. Igjen kan vi sjekke hva vi har tilgjengelig, og hvilken som er satt som default.
			<code>

	$ update-alternatives --display mpirun		$ update-alternatives --display mpirun

	mpirun - auto modus		mpirun - auto modus
	lenke peker for øyeblikket til /usr/bin/mpirun.openmpi		lenke peker for øyeblikket til /usr/bin/mpirun.openmpi
Linje 81:		Linje 93:
	slave mpirun.1.gz: /usr/share/man/man1/mpirun.openmpi.1.gz		slave mpirun.1.gz: /usr/share/man/man1/mpirun.openmpi.1.gz
	Nåværende «beste» versjon er «/usr/bin/mpirun.openmpi».		Nåværende «beste» versjon er «/usr/bin/mpirun.openmpi».
			</code>
	Akurat som med wrapperene kan vi kjøre programmene ved å oppgi det fulle navnet på implementasjonen vi vil bruke 'mpirun.openmpi' og 'mpirun.mpich2', eller om vi ønsker å bruke den defaulte 'mpirun' (i eksempelet over mpich2 versjonen).		Akurat som med wrapperene kan vi kjøre programmene ved å oppgi det fulle navnet på implementasjonen vi vil bruke 'mpirun.openmpi' og 'mpirun.mpich2', eller om vi ønsker å bruke den defaulte 'mpirun' (i eksempelet over mpich2 versjonen).
	Oppsummering		Oppsummering

Kbo041 på 12. jul. 2012 kl. 06:35

2012-07-12T06:35:44Z

← Eldre sideversjon		Sideversjonen fra 12. jul. 2012 kl. 06:35
Linje 1:		Linje 1:

	== Ubuntu openmpi / mpich2 ==		== Ubuntu openmpi / mpich2 ==

	I denne artikkelen skal jeg ta for meg litt av de forskjellige begrepene man kommer bort i om man skal jobbe med programmering på flere prosesser.		I denne artikkelen skal jeg ta for meg litt av de forskjellige begrepene man kommer bort i om man skal jobbe med programmering på flere prosesser.

	Det vi trenger for å komme igang er følgende:		Det vi trenger for å komme igang er følgende:

	en kompilator (fortran / c / c++)		*en kompilator (fortran / c / c++)
	en mpi pakke (mpich2 / open-mpi)		*en mpi pakke (mpich2 / open-mpi)
	en mpi wrapper		*en mpi wrapper
	en mpiexec / mpirun		*en mpiexec / mpirun

	Kompilatorer		=== Kompilatorer ===

	Det finnes mange forskjellige typer kompilatorer men de mest aktuelle er gnu, portland group og intel. Gnucompilatorene er gratis, mens pgi og intel kompilatorene er lisensierte. Du finner disse i softwarecenter ved å søke på f.eks gfortran eller pgi. De fleste aktuelle miljøer får alle nødvendige kompilatorer installert.		Det finnes mange forskjellige typer kompilatorer men de mest aktuelle er gnu, portland group og intel. Gnucompilatorene er gratis, mens pgi og intel kompilatorene er lisensierte. Du finner disse i softwarecenter ved å søke på f.eks gfortran eller pgi. De fleste aktuelle miljøer får alle nødvendige kompilatorer installert.
Linje 26:		Linje 25:
	gcc version 4.6.3 (Ubuntu/Linaro 4.6.3-1ubuntu5)		gcc version 4.6.3 (Ubuntu/Linaro 4.6.3-1ubuntu5)

	MPI Implementasjon		=== MPI Implementasjon ===

	Akkurat som med kompilatorer finnes det forskjellige mpi pakker å velge mellom. MPI (message passing interface) er en standard som gjør at du kan kjøre programmene dine på flere prosessorer / hoster samtidig. For å lære mer om MPI kan du begynne å lese artikkelen MPI på wikpedia: http://en.wikipedia.org/wiki/Message_Passing_Interface		Akkurat som med kompilatorer finnes det forskjellige mpi pakker å velge mellom. MPI (message passing interface) er en standard som gjør at du kan kjøre programmene dine på flere prosessorer / hoster samtidig. For å lære mer om MPI kan du begynne å lese artikkelen MPI på wikpedia: http://en.wikipedia.org/wiki/Message_Passing_Interface
Linje 34:		Linje 33:
	Sjansen er stor for at du nå sitter med to forskjellige implementasjoner av MPI, mpich og open-mpi. Disse skal i teorien være like, men i praksis er det både syntaksforskjeller og annet smårusk som gjør at man kan foretrekke den ene over den andre. Om du vet du klarer deg med kun en av implementasjonene gjør du enklest i å bare installere den ene du trenger. Forskjeller i syntaks / bruksmåte finner du lenger nede på denne siden.		Sjansen er stor for at du nå sitter med to forskjellige implementasjoner av MPI, mpich og open-mpi. Disse skal i teorien være like, men i praksis er det både syntaksforskjeller og annet smårusk som gjør at man kan foretrekke den ene over den andre. Om du vet du klarer deg med kun en av implementasjonene gjør du enklest i å bare installere den ene du trenger. Forskjeller i syntaks / bruksmåte finner du lenger nede på denne siden.

	MPI Kompilatorer / MPI Wrappere		=== MPI Kompilatorer / MPI Wrappere ===

	Nå som vi har kompilatorer og mpi på plass trenger vi wrappere. Mange kaller wrapperene for mpi-kompilatorer, men i praksis er det snarveier til de vanlige kompilatorene, hvor flagg og opsjoner for kompilering med mpistøtte er tatt med.		Nå som vi har kompilatorer og mpi på plass trenger vi wrappere. Mange kaller wrapperene for mpi-kompilatorer, men i praksis er det snarveier til de vanlige kompilatorene, hvor flagg og opsjoner for kompilering med mpistøtte er tatt med.
Linje 66:		Linje 65:
	Om du ikke ønsker å bruke wrapperene kan du skrive ut hele linjen som kom etter -show, men da vil jeg påstå at wrapperen er mest behagelig å forholde seg til. Det finnes måter å endre wrapper flagg på også, men det er litt mer avansert.		Om du ikke ønsker å bruke wrapperene kan du skrive ut hele linjen som kom etter -show, men da vil jeg påstå at wrapperen er mest behagelig å forholde seg til. Det finnes måter å endre wrapper flagg på også, men det er litt mer avansert.

	MPI Run / MPI Exec		=== MPI Run / MPI Exec ===

	Som endel av installasjonen av mpiimplementasjonene har vi også fått det vi trenger for å eksekvere våre paralelle programmer. Igjen kan vi sjekke hva vi har tilgjengelig, og hvilken som er satt som default.		Som endel av installasjonen av mpiimplementasjonene har vi også fått det vi trenger for å eksekvere våre paralelle programmer. Igjen kan vi sjekke hva vi har tilgjengelig, og hvilken som er satt som default.

Kbo041: første utkast

2012-07-12T06:32:12Z

første utkast

Ny side

== Ubuntu openmpi / mpich2 ==

I denne artikkelen skal jeg ta for meg litt av de forskjellige begrepene man kommer bort i om man skal jobbe med programmering på flere prosesser.

Det vi trenger for å komme igang er følgende:

en kompilator (fortran / c / c++)
en mpi pakke (mpich2 / open-mpi)
en mpi wrapper
en mpiexec / mpirun

Kompilatorer

Det finnes mange forskjellige typer kompilatorer men de mest aktuelle er gnu, portland group og intel. Gnucompilatorene er gratis, mens pgi og intel kompilatorene er lisensierte. Du finner disse i softwarecenter ved å søke på f.eks gfortran eller pgi. De fleste aktuelle miljøer får alle nødvendige kompilatorer installert.

For å sjekke at pakken har kommet inn som forventet.

$ gfortran -v
Using built-in specs.
COLLECT_GCC=gfortran
COLLECT_LTO_WRAPPER=/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.6/lto-wrapper
Target: x86_64-linux-gnu
Configured with: ../src/configure -v --with-pkgversion='Ubuntu/Linaro 4.6.3-1ubuntu5' --with-bugurl=file:///usr/share/doc/gcc-4.6/README.Bugs --enable-languages=c,c++,fortran,objc,obj-c++ --prefix=/usr --program-suffix=-4.6 --enable-shared --enable-linker-build-id --with-system-zlib --libexecdir=/usr/lib --without-included-gettext --enable-threads=posix --with-gxx-include-dir=/usr/include/c++/4.6 --libdir=/usr/lib --enable-nls --with-sysroot=/ --enable-clocale=gnu --enable-libstdcxx-debug --enable-libstdcxx-time=yes --enable-gnu-unique-object --enable-plugin --enable-objc-gc --disable-werror --with-arch-32=i686 --with-tune=generic --enable-checking=release --build=x86_64-linux-gnu --host=x86_64-linux-gnu --target=x86_64-linux-gnu
Thread model: posix
gcc version 4.6.3 (Ubuntu/Linaro 4.6.3-1ubuntu5)

MPI Implementasjon

Akkurat som med kompilatorer finnes det forskjellige mpi pakker å velge mellom. MPI (message passing interface) er en standard som gjør at du kan kjøre programmene dine på flere prosessorer / hoster samtidig. For å lære mer om MPI kan du begynne å lese artikkelen MPI på wikpedia: http://en.wikipedia.org/wiki/Message_Passing_Interface

For å installere på våre Ubuntu maskiner kan vi som vanlig bruke softwarecenter (mpich2, openmpi-common, openmpi-bin, openmpi-doc og evt openmpi-checkpoint), men sansynligheten for at du har fått installert både openmpi og mpich2 automatisk er ganske stor.

Sjansen er stor for at du nå sitter med to forskjellige implementasjoner av MPI, mpich og open-mpi. Disse skal i teorien være like, men i praksis er det både syntaksforskjeller og annet smårusk som gjør at man kan foretrekke den ene over den andre. Om du vet du klarer deg med kun en av implementasjonene gjør du enklest i å bare installere den ene du trenger. Forskjeller i syntaks / bruksmåte finner du lenger nede på denne siden.

MPI Kompilatorer / MPI Wrappere

Nå som vi har kompilatorer og mpi på plass trenger vi wrappere. Mange kaller wrapperene for mpi-kompilatorer, men i praksis er det snarveier til de vanlige kompilatorene, hvor flagg og opsjoner for kompilering med mpistøtte er tatt med.

Så hva er egentlig denne wrapperen? Først lister vi ut alle wrapperene vi har tilgjengelige.

$ mpif
mpif77 mpif77.mpich2 mpif77.openmpi mpif90 mpif90.mpich2 mpif90.openmpi

mpif77 og mpif90 er snarveier til den av wrapperene som er default (enten mpif77.mpich2 eller mpif77.openmpi og tilsvarende for Fortran90 og e.v.t CPP om du har det).

du kan altså bruke en spesifikk wrapper ved å skrive den fullt ut. Eksempelvis mpif77.openmpi sikrer deg at du får openmpi uavhengig av om default på systemet er satt opp til mpich2 eller openmpi.

Hvordan sjekker jeg hvilken wrapper som er default? Dette styres av debian sitt update-alternatives system.

$ update-alternatives --display mpi
mpi - auto modus
lenke peker for øyeblikket til /usr/include/mpich2
... mye tekst kommer her...
Nåværende «beste» versjon er «/usr/include/mpich2».

Men hva var nå denne wrapperen egentlig for noe? Ved å kjøre de med switchen -show ser vi hva som egentlig skjer.

$ mpif77 -show
gfortran -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -I/usr/include/mpich2 -L/usr/lib -lmpich -lopa -lmpl -lrt -lcr -lpthread
$ mpif77.openmpi -show
gfortran -I/usr/lib/openmpi/include -pthread -L/usr/lib/openmpi/lib -lmpi_f77 -lmpi -lopen-rte -lopen-pal -ldl -Wl,--export-dynamic -lnsl -lutil -lm -ldl

Husk at den første kommandoen 'mpif77 -show' tilsvarer 'mpif77.mpich2 -show' siden mpich2 er gjeldende mpi implementasjon ifølge update-alternatives.

Om du ikke ønsker å bruke wrapperene kan du skrive ut hele linjen som kom etter -show, men da vil jeg påstå at wrapperen er mest behagelig å forholde seg til. Det finnes måter å endre wrapper flagg på også, men det er litt mer avansert.

MPI Run / MPI Exec

Som endel av installasjonen av mpiimplementasjonene har vi også fått det vi trenger for å eksekvere våre paralelle programmer. Igjen kan vi sjekke hva vi har tilgjengelig, og hvilken som er satt som default.

$ update-alternatives --display mpirun
mpirun - auto modus
lenke peker for øyeblikket til /usr/bin/mpirun.openmpi
/usr/bin/mpirun.mpich2 - prioritet 40
slave mpiexec: /usr/bin/mpiexec.mpich2
slave mpiexec.1.gz: /usr/share/man/man1/mpiexec.mpich2.1.gz
slave mpirun.1.gz: /usr/share/man/man1/mpirun.mpich2.1.gz
/usr/bin/mpirun.openmpi - prioritet 50
slave mpiexec: /usr/bin/mpiexec.openmpi
slave mpiexec.1.gz: /usr/share/man/man1/mpiexec.openmpi.1.gz
slave mpirun.1.gz: /usr/share/man/man1/mpirun.openmpi.1.gz
Nåværende «beste» versjon er «/usr/bin/mpirun.openmpi».

Akurat som med wrapperene kan vi kjøre programmene ved å oppgi det fulle navnet på implementasjonen vi vil bruke 'mpirun.openmpi' og 'mpirun.mpich2', eller om vi ønsker å bruke den defaulte 'mpirun' (i eksempelet over mpich2 versjonen).
Oppsummering

Jeg har nå gått raskt igjennom hva du trenger for å komme igang med mpi og paralellisering. Jeg har tatt utgangspunkt i et standard Ubuntu 12.04 LTS system. Det eneste som mangler nå er kode som vi kan kjøre i paralell. Jeg skal prøve å komme tilbake til en artikkel med enkle eksempler på kode som kan kjøre i paralell, samt vise hvordan vi kan kompilere den opp og eksekvere den på flere samtidige prosessorer / hoster ved hjelp av mpirun.

[[Kategori:Ubuntu, Linux, Programvare]]